细菌在历史上所扮演的角色最可怕的例子之一就是欧洲人对美洲的征服。 1492年,哥伦布发现了新大陆,西班牙的征服开始了。西班牙征服者残暴,杀死了无数人,但他们带来的病菌杀死了数量更惊人的美洲原住民。最著名的是,当皮萨罗于1531 年登陆秘鲁时,他只带了168 人就征服了人口数百万的印加帝国。这是因为天花在他之前于1526 年左右抵达秘鲁,夺走了印加帝国95% 的人口,甚至杀死了卡帕克皇帝和他在西方指定的继任者。为什么美洲原住民身上的细菌没能消灭西班牙入侵者,反而传播到欧洲,一下子消灭了欧洲人呢?其实,两块大陆的病原体差异是因为牲畜的差异。在人口稠密的社会中传播的大多数细菌都是从牲畜身上的细菌进化而来的。大约一万年前,食品生产者每天都与牲畜密切接触,传播给牲畜的病原体借此机会将人体作为滋生地。欧亚大陆是多种牲畜的家园,这为牲畜病原体试图进入人体创造了更多机会。由于美洲没有牲畜,因此能够传播传染病的细菌肯定较少。当然,细菌并不总是欧洲人的朋友。当欧洲人征服非洲和东南亚时,他们遇到了疟疾和霍乱等热带杀手,但他们失败了。这也解释了为什么欧洲人在征服美洲约400 年后,又开拓了东南亚和非洲的大部分地区。
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