起初，人们以为只要打败暴龙变形金刚，数码兽世界就会迎来和平，但事实并非如此。随着故事的进展，我们发现霸王龙变形金刚的出现是由于一条寺健的使用。幕后操纵的神秘长发女子。但谁能保证打败长发女子后，会出现更强大的BOSS呢？数码宝贝危机的原因是什么？
在神秘女子的影响下，暴龙变形金刚基地似乎正在聚集着一股强大的黑暗力量，随时都有爆炸的危险。技术上敏锐地意识到了这一点的小四郎立即将这一消息传达给了被选中的孩子们，但他们在强大的对手面前却无能为力。一乘寺剑出手救援后，大家团结一致却无法战胜敌人。当时，由于大辅和少贤的共同愿望，各个数码兽都实现了魔法进化，并实现了——次联合进化。
融合进化的机甲龙兽为被选中的孩子们争取了时间，利用这段时间赶到暴龙变形基地，将温柔徽章恢复原状，阻止了动力室的爆炸。但这并不是唯一的爆炸。也就是说，暴龙改造者基地的爆炸危机还有另外一个原因！通过观察管道系统，他们发现管道的末端连接着黑暗世界，黑暗力量正通过这条通道不断输送。知道原因之后解决问题就很容易了，但机甲龙兽及时赶到，很快就化解了危机。
对组合进化感到好奇的孩子们发现了圣人小四郎。通过小四郎的讲述，大家开始明白，数码宝贝世界危机的本质就是黑暗的力量，除非打败它。数码宝贝世界无法真正恢复和平。同时，小四郎的旁白也解释了为什么小关和Takeru的数码兽变得难以进化。知道真相的人更加有负担，相信自己能够拯救数码宝贝世界。
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