有机种子是专门为有机农民和客户生产的农作物种子，未经任何化学处理。近年来，有机农业在欧洲国家发展迅速。
有机育种由两个阶段组成。
第一阶段主要是选择育种亲本进行杂交。作为母材，要选择抗病虫害、在有机栽培条件下产量高的育种材料。
第二阶段将建立以有机种植为基础的特色杂交育种计划。该计划要求杂交种子具有强大的根系、对病虫害的强大抵抗力，以及在田间种植时能够与侵袭性杂草竞争的能力。
目前，种子有机处理主要有四种方法。
首先，用沸水或干热空气对种子进行消毒，防止细菌附着。
二是利用微生物对种子进行包衣，防治各种土传病害和苗期病害。
三是处理共生微生物，增加农作物的自然防御能力。
第四，对种子进行天然促生长剂处理，促进幼苗生长，增强抗性。
这些加工方法不使用任何化学方法，而是物理的、有机的、天然的，所以生产出来的种子都是“有机”的。
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